Construction de la population de départ
De façon interne, le programme construit un tableau identifiant chaque individu (il ne s'agit pas d'une simulation globale, si la population comporte 1000 individus à chacun d'eux correspond une variable identifiant son sexe et son génotype).
Le remplissage du tableau est un premier tirage au sort. Si l'expérimentateur a fixé des fréquences de 50% 50% pour les deux allèles du gène la fréquence observée à la première génération sera très probablement différente de 50%. C'est en fait une probabilité de 0,5 pour chaque allèle que l'on a fixée, le tirage au sort peut favoriser l'un ou l'autre allèle.
Les fréquences étant d'autant plus proches des probabilités que l'effectif est fort, l'écart sera surtout important pour des populations initiales à effectif faible.
Tout se passe comme si à partir d'une population de départ très grande, on extrayait un échantillon plus petit d'individus pris au hasard. Cet écart modélise précisément l'effet fondateur